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Jmolの紹介

 ほぼすべてのOSで動く分子表示ソフトがJmolです。
 動くためにはJAVAが必要です。ダウンロードして使うことができます。
 
 PDBという,タンパク質のデータバンクサイトでもタンパク質の分子の表示に使っていますから,世界的に代表的な分子表示ソフトと言っていいでしょう。
1_start.jpg  立ち上がると真っ黒な画面が出ます。
 
  .pdb とか .mol とか .ent という拡張子がついた「分子の形を記述したファイル」を開くことができます。
 これらのファイルは,PDBというサイトやパソコンで見る動く分子事典という本などで入手することができます。
 
 ファイルを画面にドラッグ&ドロップすると分子を表示してくれます。
 またはファイルを読み込めば分子を表示します。(この場合は,アラニン)
 
 起動すると,最初に出てくるのは「球・棒モデル」での表示です。一度,画面をクリックしたまま,ぐりぐりと回すと,その動きに合せて分子をぐりぐりと回して観察することができます。
2_75.jpg  「球・棒モデル」は「空間充填モデル」(発泡スチロールで作るモデル)に変更できます。
 
 「画面上で右クリック」をしてでてくるメニューから,Style / Scheme / CPK Spacefill を選びます。
 Style / Atoms / 75% van der waals でもいいです。
 
 すると,「空間充填モデル」の表示になります。
3_A.jpg  原子間の距離を測りたい時は,単位を選ぶことができます。
 
 この場合は,オングストロームを選びました。
 
4_cd.jpg  「原子間の距離」を調べるために,メニューを表示しています。
 
 このメニューを選んだあとで,「クリックした二つの原子の間の距離」がわかります。
5_kyori.jpg  ウィンドウの上のまん中にある「メジャー型のボタン」を押すと図のようなウィンドウが出てきます。
 
 こうして,「原子の間の距離」だけでなく様々な情報を得ることができます。
 
6_ds.jpg  ダブルクリックでスタートの原子を選ぶ事が出来るようになるのが,このメニューです。
 
 「ダブルクリックした原子」と「次にクリックした原子」の距離を表示できるようになります。
7_ca.jpg  続いて,3つめの原子もクリックすると,3つの原子が形成する角度を表示するようになります。
 
8_kakudo.jpg  分子を回転させても角度を表示したままです。
 
  2008.08.07初出
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