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プロリン

 プロリンは、タンパク質の構造を作る上で大事なアミノ酸のようです。
 
 それは、他のアミノ酸と大きく異なり、アミノ基の窒素を巻き込んで環の形を造っているからです。このため、プロリンの部分でαヘリックスが歪んだりするそうです。
 
動く分子事典より プロリン
動く分子模型のプロリン プロリン

1、R(側鎖)+C+N
部品 部品
a-b 切断面の直径(cm)
C-C 2.8
C-N 2.4
C-H 2.4
 
 切り方の考え方は、「五角形を形成している部分を108度で作り、水素との結合を109.5度で作る」というものです。
 「五角形の内角が108度である」ということで製作しました。すべてを109.5度で作ると五角形を作ることはできなかったからです。
 
 平面分子かどうかがわかりませんでした。完全に平面なら、108度で間違いないでしょう。しかし、微妙にずれているのなら、違うはずです。でも、その差は微細なもののはずです。よって、108度で大きくはずれでもないはずです。
 
 炭素と窒素だけ(右)だと梅の花のようです。裏にしても炭素の部分は同じに見えます。

炭素を作る
ア:108度の角度定規を用いて、28mmで2カ所切ります。そして、109.5度の角度定規を用いて24mmで水素の結合する部分を2カ所切ります。
イ:108度の角度定規を用いて、28mmと24mmで切ります。そして、109.5度の角度定規を用いて24mmで水素の結合する部分を2カ所切ります。
ウ:108度の角度定規を用いて、28mmと24mmで切ります。そして、109.5度の角度定規を用いて24mmで水素の結合する部分を1カ所切ります。さらに、カルボキシル基との結合面を30mmで切ります。

他の原子を作る
窒素:24mmで接するように3カ所切ります。
水素:24mmの孔定規を用いて半分に切ります。

 カルボキシル基と結合する面は、図の「R」と書いた部分です。
 カルボキシル基との結合は、ほんの少ししか重なり合いがありません。ですから、気になる人は微細に切ればいいし、気にしない人は強引に貼付ければ組み上げることができます。
 
2、カルボキシル基
a-b 切断面の直径(cm)
C-C 3.0
C=O 3.0
C-0 2.4
C-H 2.4
O-H 2.4
カルボキシル基

 
 2003.3.3

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